Kebangkitan Empayar Ghana, berpusat yang masa kini selatan Mauritania, selari dengan peningkatan perdagangan merentasi Sahara. Ekonomi Mediterranean kekurangan emas tetapi mampu membekalkan garam, diambil oleh tempat seperti lombong garam Afrika Taghaza, manakala pula negara Afrika Barat seperti Wangara memiliki banyak emas tetapi memerlukan garam. Perdagangan hamba merentasi Sahara juga penting kerana sejumlah besar orang Afrika di hantar ke utara, biasanya untuk berkhidmat sebagai pekarja rumah atau gundik.[18] Negara-negara Afrika barat mengimport tentera hamba terlatih. Dianggarkan bahawa antara abad ke-10 hingga abad ke-19 sekitar 6,000 hingga 7,000 hamba abadi diangkut ke utara setiap tahun.[19] Kemungkinan sehingga sembilan juta hamba telah di eksport sepanjang khalifah merentasi-Sahara.[20] Beberapa laluan perdagangan mula bertapak, kemungkinan yang paling penting berakhir di Sijilmasa dan Ifriqiya yang kin berada dalam Morocco ke utara. Di sana, dan di bandar Afrika Utara yang lain, pedagang Berber menerima hubungan lebih rapat dengan Islam, menggalakkan pemelukan ugama Islam, dan menjelang abad ke lapan, orang-orang Muslim mengembara ke Ghana. Ramai penduduk Ghana memeluk Islam, dan kemungkinannya menyebabkan perdagangan Empayar memiliki kelebihan. Sekitar 1050, Ghana menawan Aoudaghost, tetapi lombong emas baru sekeliling Bure, Afrika mengurangkan perdagangan di bandar tersebut, sebaliknya menguntungkan Soso, yang kemudiannya mengasas Empayar Mali.

Tidak seperti Ghana, Mali adalah kerajaan Muslim, dan di bawahnya, perdagangan emas - garam diteruskan. Yang lain, barangan dagangan kurang penting adalah hamba abadi, pinang dari selatan dan manik dan kulit siput cowrie dari utara (bagi kegunaan sebagai mata wang). Ia semasa pemerintahan Mali bandar besar di Sungai Niger —termasuk Gao dan Djenné— berkembang, dengan Timbuktu terutamanya menjadi terkenal di seluruh Eropah kerana kekayaannya. Pusat perdagangan penting di selatan Afrika Barat berkembang di zon perantaraan antara hutan dan padang savana; contoh termasuk Begho dan Bono Manso (yang kini Ghana) dan Bondoukou (pada masa kini Côte d'Ivoire). Lalaun perdagangan barat terus penting, dengan Ouadane, Oualata dan Chinguetti menjadi pusat perdagangan utama di yang kini adalah Mauritania, sementara bandar Tuareg Assodé dan kemudiannya Agadez berkembang disekeliling laluan lebih ke timur di mana yang kini adalah Niger.

Laluan timur merentasi-Sahara mendorong kepada perkembangan Empayar Kanem-Bornu yang bertahan lama berpusat di kawasan Tasik Chad. Laluan perdagangan ini bagaimanapun kurang efisen dan hanya menjadi terkenal apabila kekacauan di sebelah barat seperti semasa penaklukan Almohad.

Perjalanan orang-orang Portugis mengelilingi persisiran barat Afrika membuka laluan baru bagi perdagangan antara Eropah dan Afrika Barat. Menjelang awal abad ke enam belas, tapak perdagangan Eropah, "Logi" ditubuhkan dipersisiran sejak 1445, dan perdagangan dengan Eropah yang lebih kaya menjadi amat penting kepada Afrika Barat. Afrika Utara merosot dalam kepentingan politikal dan ekonomi, sedangkan merentasi Sahara kekal panjang dan merbahaya. Bagaimanapun, pukulan hebat kepada perdagangan merentasi-Sahara adalah Pertempuran Tondibil 1591-2. Morocco menghantar tenteranya menyeberangi Sahara dan menyerang Timbuktu, Gao dan beberapa pusat perdagangan penting, memusnahkan bangunan dan harta benda dan menyingkir warga terkemuka mereka. Gangguan ini kepada perdagangan mendorong kepada kemerosotan teruk bagi kepentingan bandar ini dan pertelingkahan yang terhasil mengurangkan perdagangan dengan banyaknya.